En båtflagga markerar ägarens nationalitet, och är båten under seglats, så får denna båtflagga vara hissad dygnet runt. Är båten förtöjd, med personer ombord, bör man följa de regler som finns på vanliga flaggstänger på land. En flagga bör alltid föras när det finns andra båtar eller fartyg inom synhåll och alltid när man befinner sig i utländska farvatten.
Seglar du utomlands med dig båt, så kan du ha en båtflagga som hör till det land du befinner dig i. Detta kallas gästflagga, eller artighetsflagga. Den bör föras på styrbordssidan, som en artighetsgest mot värdlandet.
Är det ett speciellt tillfälle så kan båtflaggor användas för att utföra en flagghälsning, till exempel när man möter ett örlogsfartyg med befälsvimpel i masttoppen. Du kan även hälsa på andra båtar. Vid flagghälsning sänker man flaggan långsamt till halv stång och väntar tills den mötande båten besvarar hälsningen. Sedan hissar man flaggan till toppen igen. Att hälsa är helt frivilligt, men att besvara en hälsning är en skyldighet.
Att visa sorg med båtflaggor går även det att göra, samma regler som vanlig flaggning på land gäller, alltså att först hissas flaggan i topp, för att sedan halas ner till en tredjedel av stångens längd. När flaggan sedan tas ned, så hissas den först ända upp till toppen igen, för att sedan halas ner helt.
Signalflaggor är en annan form av båtflaggor, som används för att kommunicera på. Detta användes mest innan radion uppfanns, men används ändå en del idag.